La gouvernance du RENACA-Bénin repose sur six (06) piliers que constituent ses principaux organes :

• l'Assemblée Générale ;

• le Conseil d’Administration ;

• le Conseil de Surveillance ;

• le Comité de Déontologie ;

• le Commissariat aux comptes, et ;

• la Direction.

Le RENACA-Bénin jouit de la double autonomie administrative et financière. Elle assure sa propre gestion et est administrée conformément à ses documents organiques, ses manuels de politiques et de procédures, et aux dispositions des conventions conclues avec les partenaires technique et financier.